Hvad der skete med Nefertiti har længe været genstand for ophedet debat blandt historikere og egyptologer.
Tidligere har eksperter fremført teorier om, at den ikoniske dronning af uvisse årsager kan være faldet i unåde hos Akhenaton, som derefter havde forvist hende fra hoffet.
En anden teori har været, at Nefertiti ganske enkelt døde – enten af naturlige årsager, en skade eller en af datidens pest-epidemier.
Tog Nefertiti et nyt navn?
En helt tredje teori, som har vundet mere indpas i de senere år, lyder, at Nefertiti i virkeligheden blot ændrede navn og regerede på egen hånd efter Akhenatons død.
Denne teori er dels baseret på en inskription, der blev fundet i 2012, som antyder, at Nefertiti kan være den samme person som Neferneferuaten – en hidtil uidentificeret kvindelig farao, som tog over efter Akhenaton.
Teorien bliver yderligere forstærket af, at Nefertiti på flere arkæologiske fund bliver afbildet som en farao – fx mens hun kører på en stridsvogn eller tilbeder solguden Aton.
Trods alle teorier mangler historikerne dog stadig den afgørende brik i puslespillet om Nefertiti, og hendes endelige skæbne er derfor indtil videre stadig omgærdet af mystik.