Af uvisse årsager gjorde arkitekten dog ikke mere ved sagen, og ruinerne af Pompeji blev atter glemt.
Først omkring 100 år senere fandt de første udgravninger sted, og i løbet af 1700-tallet gik det langsomt op for forskellige arkæologer, hvilket fund de stod overfor. Udgravningerne havde dog primært karakter af trofæjagt, og først i 1800-tallet blev udforskningen af Pompeji mere systematisk.
Pompeji afslører stadig nyt
Den første egentlige videnskabelige udgravning blev foretaget af arkæologen Giuseppe Fiorelli, som også lavede de første af Pompejis berømte gipsafstøbninger. Fiorelli delte ruinbyen op i mindre zoner, så alt kunne undersøges minutiøst og dokumenteres i rapporter.
Alle Pompejis hemmeligheder er dog endnu ikke afsløret. En tredjedel af byen mangler at blive udgravet, og arkæologer gør løbende nye opdagelser; fx fandt forskerne i efteråret 2021 et såkaldt slaverum, der havde været beboet af en familie af slaver.