Mens John støttede Sydstaterne, var Edwin indædt modstander af slaveriet og talte Nordstaternes sag. Og mens John tog Abraham Lincolns liv, reddede Edwin præsidentens ældste søn fra den sikre død.
En dag i 1864 befandt Edwin Booth sig på banegården i Jersey City i nordstaten New Jersey. Borgerkrigen rasede, og soldater og deres familiemedlemmer myldrede frem og tilbage på den tætpakkede perron. Præsidentens ældste søn, Robert Todd Lincoln, forklarede senere i et brev, hvad der herefter skete:
“Jeg stod og ventede på, at det blev min tur (til at købe en sengeplads i togets sovevogn, red.). Der var – naturligvis – en smal sprække mellem perronen og togvognen, og lige da menneskemængden pressede mig ind mod toget, begyndte det at køre. Med fødderne først faldt jeg ned i sprækken, men blev grebet ved min frakkekrave og trukket op på perronen igen. Da jeg ville udtrykke min tak, opdagede jeg, at det var Edwin Booth, hvis ansigt jeg naturligvis kendte. Jeg udtrykte min taknemmelighed over for ham”.
Længe vidste Edwin Booth ikke, hvem han havde reddet. Det fik han først at vide, nogle måneder efter at hans lillebror havde skudt præsident Lincoln. Nyheden skal angiveligt have været en trøst for redningsmanden.