Den spanske generobring af Den Iberiske Halvø – kendt som Reconquistaen – var ikke kun et angreb på de muslimske maurere.
Fjendtlighederne blev også rettet imod jøderne, som i 1300-tallet oplevede antijødiske love og statssanktionerede mord. Værst blev det under pogromen i 1391, hvor tusindvis blev dræbt og endnu flere tvunget til at konvertere.
I det mauriske emirat Granada i Sydspanien nød jøderne fortsat en vis religionsfrihed, men emiratet faldt endegyldigt i 1492, hvor Spanien blev samlet under det stærkt religiøse regentpar Ferdinand 2. af Aragonien og Isabella 1. af Castilien.
Regentparret ønskede ingen jøder i deres kongerige – de frygtede, at jøderne ville have for stor indflydelse på de mange, der allerede var konverteret. Derfor fik de resterende spanske jøder valget mellem at gå over til kristendommen eller at blive deporteret.
Spaniens jøder går i dag under betegnelsen sefardiske jøder. Mange af de sefardiske jøder flygtede til eksisterende jødiske samfund i Maghreb i det nordlige Afrika, mens andre flygtede til byer som Jerusalem og Cairo.
Sultanen for Det Osmanniske Rige tilbød jøderne asyl. Mange af dem kom derfor til Thessaloniki, Izmir og Balkan. De sefardiske jøders efterkommere udgør i dag omkring 16 pct. af verdens jøder.