Under retssagen rasede Stefan 6. imod liget og anklagede Formosus for at være biskop to steder samtidig, hvilket var imod kanonisk lov. Anklagen var sandsynligvis et forsøg på at skjule, at Stefan 6. kunne beskyldes for fuldkommen det samme.
Retssag blev ramt af jordskælv
Da det var Formosus, som havde udnævnt Stefan 6. til biskop, forsøgte den nye pave at sikre sig mod anklager ved at få den gamle dømt og dermed gøre alle hans beslutninger ugyldige.
Liget havde begrænset mulighed for at forsvare sig selv, og selv da retssagen blev ramt af et jordskælv, blev det ikke set som et tegn.
Formosus blev dømt og liget smidt i Tiberen. Roms borgere så dog ikke med milde øjne på Stefan 6.s handlinger. Kort efter blev den nye pave smidt i fængsel, hvor han blev kvalt i sin celle.